Haar enige aandeelhouder is de Belgische staat, vertegenwoordigd in de Algemene Vergadering door de minister van Ontwikkelingssamenwerking. De relaties tussen de Belgische staat en BTC zijn vastgelegd in een beheerscontract.

De organisatiestructuur van BTC is toegesneden op een efficiënt bestuur en een doorgedreven controle. De belangrijkste organen die daarvoor garant staan, zijn de bestuursorganen en de controleorganen.

Bestuursorganen

• Algemene vergadering (minister van Ontwikkelingssamenwerking)
• Raad van Bestuur
• Verantwoordelijke voor het dagelijks beheer (In 2004 beslist de Raad van Bestuur om de taken en bevoegdheden van de verantwoordelijke voor het dagelijks beheer voor onbepaalde tijd toe te vertrouwen aan een Voorzitter van het Directiecomité)
• Directiecomité

Controleorganen

• Regeringscommissarissen (Ontwikkelingssamenwerking & Begroting)
• College van Commissarissen (Rekenhof & Bedrijfsrevisoren)
• Interne audit

Raad van Bestuur

• Dhr. Yves Haesendonck (voorzitter)
• Dhr. Jef Valkeniers (plaatsvervangend voorzitter)
• Dhr. Claude Bougard
• Dhr. Xavier De Cuyper
• Mevr. Kathelijn De Decker
• Dhr. Luc De Lobel
• Dhr. Étienne Godin
• Dhr. Étienne Knoops
• Mevr. Leen Laenens
• Dhr. Jacques Lefèvre
• Dhr. Willy Peirens
• Dhr. Milan Rutten

Directiecomité

• Dhr. Carl Michiels - voorzitter
• Dhr. Jean-Pierre Luxen - Directeur sectorale en thematische expertise
• Dhr Luc Langouche - Directeur Operations
• Mevr. Krista Verstraelen - Directeur human resources
• Dhr. Peter Pauwels - Directeur financiën & ICM