Son seul actionnaire est l'État belge représenté à l'Assemblée générale par le Ministre de la Coopération au Développement. Les relations entre l'État belge et la CTB sont définies dans un contrat de gestion.

La structure organisationnelle de la CTB est axée sur une gestion efficiente et un contrôle poussé. Les principaux organes, qui se portent garants de ces aspects, sont les organes de direction et ceux de contrôle.

Organes de direction

• Assemblée générale (Ministre de la Coopération au Développement)
• Conseil d'Administration
• Délégué à la gestion journalière (En 2004, le Conseil d'Administration a décidé de confier, pour une durée indéterminée, à un Président du Comité de direction les tâches et compétences du Délégué à la gestion journalière)
• Comité de direction

Organes de contrôle

• Commissaire du Gouvernement (Coopération au Développement & Budget)
• Collège des Commissaires (Cour des comptes & Réviseurs d'entreprises)
• Audit interne

Conseil d'Administration

• M. Yves Haesendonck (Président)
• M. Jef Valkeniers (suppléant au Président)
• M. Claude Bougard
• M. Xavier De Cuyper
• Mme Kathelijn De Decker
• M. Luc De Lobel
• M. Étienne Godin
• M. Étienne Knoops
• Mme Leen Laenens
• M. Jacques Lefèvre
• M. Willy Peirens
• M. Milan Rutten

Comité de direction

• M. Carl Michiels - Président
• M. Jean-Pierre Luxen - Directeur Expertise sectorielle et thématique et Coordination géographique
• Mme Krista Verstraelen – Directrice Ressources humaines
• M. Peter Pauwels - Directeur Finances & ICM