Avec la Coopération danoise, hollandaise et allemande, la Belgique compte parmi les plus importants donateurs européens du Bénin. La Coopération belge couvre quatre départements considérés comme les plus pauvres du Bénin, à savoir : l’Atacora, la Donga (au nord-ouest du pays), le Mono et le Couffo (au sud-ouest du pays), et se concentre actuellement sur les secteurs de l'agriculture, de la santé et de la décentralisation.

Les indicateurs de pauvreté et de développement humain au Bénin sont préoccupants. Mesurée en termes monétaires, la pauvreté a augmenté entre 2002 et 2006 pour passer de 28,5% à 37,4% de la population. Le potentiel de croissance économique du Bénin est largement tributaire du secteur agricole qui constitue aujourd'hui près de 36% du PIB, 88% des recettes d'exportation et emploie 75% de la population active.

Toutefois, le secteur agricole reste largement dominé par la culture du coton qui représente environ 80% des exportations du Bénin. C'est pourquoi le programme de coopération bénino-belge dans le domaine de l'agriculture se concentre sur la diversification et l'intensification des filières agricoles, telles que le riz et les cultures maraîchères. Ces efforts doivent contribuer à nourrir une population croissante et permettre aux producteurs agricoles d’accroître leurs revenus.

À la pauvreté du Bénin s’ajoute une relative stagnation des indices de santé. À titre d’exemple, l’indice de mortalité maternelle pour l’année 2009 est en hausse par rapport à l’année 2001 et s’élève à 397 sur 100.000 naissances vivantes. La situation actuelle est partiellement due à une offre inadéquate et de très faibles taux de fréquentation des services sanitaires (39% dans le secteur public). C'est pourquoi le programme de coopération belge, dans le secteur de la santé au Bénin, se fixe pour objectif d’améliorer l’accessibilité et la qualité des services de santé par le biais d'un appui aux prestataires de soins et au travers d'activités visant à renforcer les capacités de négociation des populations vis-à-vis de ces prestataires.

Enfin, la consolidation du processus de déconcentration et de décentralisation est présente dans la coopération bénino-belge. La CTB intervient dans ce processus en apportant un appui à la mise en œuvre des plans de développement des communes dans les départements de concentration. Celle-ci passe par des dotations budgétaires d’investissements communaux et le renforcement des capacités des communes et de leurs partenaires (préfectures et associations de communes). De plus, la CTB fournit un appui-conseil permanent aux communes, c.-à-d. un accompagnement régulier leur permettant d’améliorer la maîtrise d’ouvrage et la bonne gouvernance locale, dans l'optique de parvenir à un développement local harmonieux.